A lo largo del estudio y análisis ambiental del territorio afectado se han ido poniendo de manifiesto aquellas áreas del término municipal que son relevantes desde el punto de vista de la conservación o por su fragilidad, singularidad o especial protección. Dichas áreas han sido descritas en el apartado correspondiente a la Delimitación y Descripción de las Unidades Ambientales Homogéneas ya que las mismas se integran en dichas unidades. No obstante a modo de a continuación se enumeran brevemente dichas áreas describiendo aquellas que, al estar integradas en unidades ambientales más amplias¡ no se han descrito detenidamente en dicho apartado:

• Cauce y riberas del Río Guadalquivir con especial singularidad en los Sotos de la Albolafia, espacio situado entre el Puente Romano y el Puente de San Rafael de gran interés por la singular y variada avifuna que lo habita aprovechando el soporte de los sotos ribereños e islotes fluviales. Dicho espacio cumple la función de dormidero de unos 5.000 ejemplares de Garcilla bueyera siendo lugar de presencia asidua de múltiples especies de interés entre las que destacan el Calamón y el Morito. Este ámbito está propuesto para su declaración como Monumento Natural.
• Cauce y riberas de los ríos Guadamuño y Guadiato. Parte del río Guadiato y sus laderas están incluidas dentro de los límites del Parque Natural Sierra de Hornachuelos y están protegidas como Espacio de Especial Interés (A.l) en el documento del Plan de Ordenación de Recursos Naturales de dihco Parque Natural.
• Vega del Río Guadalquivir
• Vega del Río Guadajoz
• Cauces y arroyos de la Sierra con especial singularidad en los arroyos del Bejarano y del Molino sobre los que se desarrolla un bosque galería de gran calidad tanto por la abundancia de especies de ribera (sauces¡ chopos, fresnos, tarajes, caños, zarzas, carrizos, eneas, etc.) como por la continuidad y frondosidad de la misma que le proporciona un gran valor paisajístico.
• Los espacios forestales de la Sierra con la singularización de diferentes áreas de gran interés ambiental y paisajístico: Umbría de Perchas y Alto de la Cabrera, Cerro de Los Pinos, Las Cuevas, Los Villares (protegidos como Parque Periurbano), Cerros de la Capellanía, Pendolilla, Lobo y Miradero, La Almenta, etc.
• Embalse de San Rafael de Navallana y su entorno
• Salinas de Duernas. El interés principal de este espacio radica en la propia salina, en las técnicas, instrumentos e infraestructura utilizada.
• Yacimientos de interés científico: YC-5 "Cerro de los Pradillos", YC-6 "Vereda Pecuaria", YC-7 "Cerro de las Ermitas" y YC-8 "Estribo del Viaducto del F.C. Córdoba-Peñarroya sobre el Arroyo Pedroche". Se trata de yacimientos de gran interés estratigráfico y paleontológico por los fósiles existentes.